Para el proceso de matrícula, la Universidad de Costa Rica pone a disposición el Sistema de Matrícula Web (ematrícula) para cada ciclo lectivo, en todas las sedes y/o recintos universitarios, de conformidad con las fechas establecidas en el Calendario Estudiantil Universitario. En el sistema se mostrarán los cursos que puede matricular de acuerdo con el plan de estudios de la carrera que cursa y la oferta académica para el ciclo lectivo correspondiente. El horario y los cursos pueden ser consultados previamente en la Guía de Horarios para cada sede y/o recinto universitario. 

Se le recuerda a la población universitaria que para matricular debe ser estudiante activo y estar al día con sus obligaciones financieras, es decir, no tener deudas pendientes ante la Oficina de Administración Financiera (O.A.F.)